重庆巴蜀中学创办于年，为一所集幼儿园、小学、初中、高中为一体的私立学校，年中学部改名为重庆第41中学校，后于年才恢复原校名。

巴蜀中学目前是重庆市教委直属重点中学，北京大学首批校长实名推荐制中学、清华大学首批自主选拔“新百年领*计划”推荐资格学校，国内中学百强前五名，数学、物理、化学、生物及信息学五大学科奥林匹克竞赛名校。

目前学校有初中、高中校区，巴蜀班，合作学校，巴蜀云校等5类教育教学与管理体系。公办中学校有巴蜀高中本部、两江巴蜀中学初中部、初高中巴蜀中学科学城校区及初高中巴蜀滨江校区等4校区；民办校区有高三的金科巴蜀中学，初高中都有的鲁能巴蜀中学、巴蜀常春藤学校及北新巴蜀中学等4校区。

开设巴蜀班的学校有重庆第57中学校与重庆两江育才中学校。合作学校有诺林巴蜀外籍人员子女学校、重庆教科院巴蜀实验学校、重庆涪陵巴蜀初级中学校、重庆巴蜀渝东中学校等4学校。

除上述学校之外，学校还在重庆主城区域范围有7所巴蜀云校，分别是重庆66中、重庆37中、重庆57中、南华中学、松树桥中学、江北中学和清华中学。